La Commission Locale de l’Eau a été créée pour élaborer le SAGE de la Basse Vallée de l’Ain : le véritable travail d’analyses, de réflexion et de concertation s’est déroulée sur 5 années de juin 1998 à mars 2003 (date de l’arrêté préfectoral d’approbation du SAGE).
La loi sur l’eau du 3 juin 1992 prévoit que la CLE est une instance pérenne, qui doit également assurer le suivi de la mise en œuvre du SAGE (article 5 de la loi sur l'eau- alinéa 2), le contrôle des différentes politiques d'aménagements (article 5 de la loi sur l'eau- alinéa 11), l'information autour des projets liés à l'eau (décret du 29 Mars 1993-Article 6), la communication sur les orientations du SAGE et la révision éventuelle du SAGE.

Le Syndicat de la Basse Vallée de l’Ain, de par ses statuts, donne les moyens financiers à la CLE d’élaborer, de suivre et de mettre en œuvre les orientations du Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux de la Basse Vallée de l’Ain. A ce titre, il assure la mise en œuvre et le suivi de procédures opérationnelles telles que le contrat de bassin et le programme LIFE Nature "conservation des habitats créés par la dynamique de la rivière d’Ain".